โรงเรียนสาธิตอิสลาม มีแนวคิดในการจัดการเรียนการสอนในรูปแบบวิชาการสามัญที่บูรณาการอิสลาม  กล่าวคือ เปิดการเรียนการสอนในรายวิชาสามัญศึกษาอย่างมีคุณภาพ โดยบูรณาการความรู้เข้ากับหลักการของอิสลามในแต่ละรายวิชาสามัญ  และบรรจุวิชาด้านอิสลามศึกษาในรายวิชาที่เป็นความรู้พื้นฐานสำหรับนักเรียนเท่านั้น  จึงทำให้ชั่วโมงเรียนในแต่ละวันมีน้อยเพื่อเอื้อให้นักเรียนมีเวลาทบทวนบทเรียน หรือใช้เวลาว่างที่มากขึ้นในการแสวงหาความรู้เพิ่มเติมอย่างเต็มที่ด้วยตนเองนอกเหนือจากการเรียนในชั้นเรียนปกติ  โดยมุ่งหวังให้นักเรียนมีคุณภาพทางวิชาการ พร้อมๆกับการมีความศรัทธาที่ถูกต้องตามแนวทางของอิสลาม ทั้งนี้โรงเรียนสาธิตอิสลาม จะเปิดเป็นโรงเรียนประจำ (Boarding school)  เพราะเล็งเห็นว่ากระบวนการขัดเกลาด้วยจริยธรรมอิสลามนั้นมีความสำคัญอย่างยิ่ง  โดยจะใช้กระบวนการเหล่านี้สอดแทรกในระหว่างการดำเนินชีวิตของนักเรียนในโรงเรียนแห่งนี้ เพื่อส่งเสริมให้นักเรียนเป็นคนเก่ง ดี และมีคุณธรรมจริยธรรมตามหลักการของอิสลาม มีวิสัยทัศน์ที่ถูกต้องต่อการศึกษาหาความรู้ สามารถเข้าใจและนำอิสลามไปสู่การปฏิบัติในชีวิตของตนเองได้อย่างสมบูรณ์ ตลอดจนมีภาวะความเป็นผู้นำที่สามารถชี้นำและพัฒนาสังคมและประเทศชาติต่อไปในอนาคตได้                                           
         โรงเรียนสาธิตอิสลามมุ่งหวังอย่างยิ่งที่จะเป็นสถาบันต้นแบบทางการศึกษาสำหรับพื้นที่จังหวัดชาย แดนภาคใต้ เพื่อพัฒนาคุณภาพทางการศึกษาโดยรวม ซึ่งพร้อมที่จะให้การบริการทางวิชาการ ตลอดจนการพัฒนาหลักสูตรสถานศึกษาให้แก่โรงเรียนในพื้นที่ เพื่อมุ่งสู่การพัฒนาสังคมให้เป็นสังคมแห่งการเรียนรู้สร้างความคิดความเข้าใจอันดีให้แก่คนในสังคม และเพื่อสร้างสรรค์สังคมนี้ให้เกิดความสันติสุขอย่างแท้จริงต่อไป